Bu yaxınlarda inanılmaz bir şey kəşf etdim!Ətrafındakı bir çox qabaqcıl eksperimental mütəxəssislər bəzi çox sadə eksperimental bilik nöqtələrini belə bilmirlər.

Məsələn, aşağıdakı suallara cavab verə bilərsinizmi?

OD260 və A260 arasında fərq varmı?Hər biri nə deməkdir?
OD optik sıxlığın (optik sıxlığın) abbreviaturasıdır, A absorbansın (udma) abbreviaturasıdır, iki anlayış əslində eynidir, “optik sıxlıq” “udma”dır, lakin “optik sıxlıq” əksər milli standartlara uyğundur və daha çox standartlaşdırılıb.

Nuklein turşusunun konsentrasiyasını hesablamaq üçün adətən biz OD dəyərini 260nm-də ölçürük, onda 1OD nəyi təmsil edir?
Nuklein turşusu həm DNT, həm RNT, həm də parçalanmış nuklein turşusu fraqmentlərini ehtiva edən 260 nm dalğa uzunluğunda maksimum udma pikinə malikdir (bu, əsas məqamdır).
260 nm dalğa uzunluğunda ölçülən OD dəyəri OD260 olaraq qeyd edildi.Nümunə təmizdirsə, OD260 dəyəri nuklein turşusu nümunəsinin konsentrasiyasını hesablaya bilər.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (iki zəncirli DNT)
=37 μg/ml ssDNA (tək zəncirli DNT)
=40 μg/ml RNT
=30 μg/ml dNTPs (oliqonükleotidlər)
RT-PCR, Realtime-PCR və QPCR arasında hər hansı bir əlaqə və fərq varmı?
RT-PCR Reverse Transkripsiya PCR üçün qısadır
Real Time PCR=qPCR, Quantitative Real Time PCR üçün qısadır
Baxmayaraq ki, Real Time PCR (real-time floresan kəmiyyət PCR) və Reverse Transscription PCR (reverse transscription PCR) hər ikisi RT-PCR kimi qısaldılmış kimi görünür.Lakin beynəlxalq konvensiya belədir: RT-PCR xüsusi olaraq əks transkripsiya PCR-ə aiddir.

Biologiyada DNT/RNT uzunluğunu təsvir etmək üçün ümumi istifadə olunan nt, bp və kb hansılardır?
nt = nukleotid
bp = əsas cüt baza cütü
kb = kilobaza

Təbii ki, siz deyərdiniz ki, çoxları bu xırda detallara əhəmiyyət vermir!Bunu hamı edir və heç kim səndən bunun nə olduğunu soruşmayacaq.Bunun lazımsız olduğunu bilirsiniz, elə deyilmi?

Yox, Xeyr, Yox, bunu bilmək çox lazımdır!hansına görə?
Çünki siz məqalə yerləşdirmək istəyirsiniz!Qardaş!Məzun olmaq və ya elmi tədqiqat nailiyyətləri əldə etmək niyyətində olmağınızdan asılı olmayaraq, danışmaq üçün məqalələrə etibar etməlisiniz!

Nuklein turşusunun çıxarılması ən sadə və əsas təcrübə olmalıdır.Nuklein turşusunun çıxarılmasının keyfiyyəti sonrakı təcrübələrin nəticələrini birbaşa müəyyən edir.

Dəfələrlə desəm də, əhəmiyyət verməyən dostlar çoxdur.Bu dəfə məqalədən kənara çıxmaq qərarına gəldim!

MIQE kimi istinad edilən Kəmiyyət Real Zamanlı PCR Təcrübələrinin Nəşri üçün Minimum Məlumat, flüoresan kəmiyyət PCR təcrübələrini qiymətləndirmək və məqalələri dərc etmək üçün lazım olan eksperimental məlumat üçün minimum standartları təklif edən, beynəlxalq səviyyədə istifadəyə verilmiş flüoresan kəmiyyət təcrübə qaydaları toplusudur.Təcrübəçinin təqdim etdiyi eksperimental şərtlər və təhlil metodları vasitəsilə rəyçilər tədqiqatçının eksperimental sxeminin etibarlılığını daha yaxşı qiymətləndirə bilərlər.

Görünür ki, nuklein turşusunun çıxarılması bölməsində aşağıdakı aşkarlama maddələri təklif edilmişdir:

“E” təqdim edilməli olan məlumatları, “D” isə zəruri hallarda təqdim edilməli olan məlumatları göstərir.

Forma çox mürəkkəbdir, əslində demək istəyirəm ki, hər kəs ondan başlamalıdır

Nuklein turşularını bu dörd aspektdə qiymətləndirmək üçün saflıq (D), məhsuldarlıq (D), bütövlük (E) və tutarlılıq (E).

Eksperimental vərdişlərə görə, əvvəlcə saflığın və konsentrasiyanın qiymətləndirilməsi üsulları haqqında danışın.

OD ölçülməsi təcrübəçilər üçün ən sevimli və asan aşkarlama üsuludur.Prinsipə gəlincə, burada təfərrüata varmayacağam.İndi bir çox laboratoriyalar nuklein turşusu nümunələrinin kəmiyyətcə təhlili üçün ultra-mikro spektrofotometrlərdən istifadə edirlər.Absorbsiya dəyərini göstərərkən proqram birbaşa konsentrasiya dəyərini (nuklein turşusu, protein və flüoresan boya) və əlaqəli nisbətləri verir.OD dəyərinin təhlilinə gəldikdə, bu şəkli yadda saxlayın və yaxşı olacaqsınız.

Universal OD dəyəri həlli siyahısı

Bununla belə, sizin üçün ayrıca qeyd edilməli olan bir neçə xəbərdarlıq var.

(Axı bilirəm ki, siz pul yığan siz olmalı və onlara ehtiyacınız olana qədər gözləyin!)

Qeyd 1 Avadanlıq

OD dəyəri müxtəlif avadanlıqlardan təsirlənəcək.OD260 müəyyən diapazonda olduğu müddətdə OD230 və OD280 dəyərləri mənalıdır.Məsələn, adi Eppendorf D30-un 260nm-də udma diapazonu 0~3A, Thermo-nun NanoDrop One isə 260nm-dir.Absorbsiya diapazonu 0,5~62,5A.

Qeyd 2Seyreltmə reagenti

OD dəyəri müxtəlif reagentlərin seyreltilməsindən təsirlənə bilər.Məsələn, pH-da təmizlənmiş RNT-nin OD260/280 oxunuşu7,5 10 mm Trisiçərisində olarkən bufer 1,9-2,1 arasındadırneytral sulu məhlulnisbət daha aşağı olacaq, bəlkə də yalnız 1,8-2,0, lakin bu, RNT-nin keyfiyyətinin Fərqi dəyişdirməsi demək deyil.

Qeyd 3Qalıq maddələr

Qalıq maddələrin olması nuklein turşusunun konsentrasiyasının ölçülməsinin düzgünlüyünə təsir edəcək, ona görə də nuklein turşusu nümunələrində zülal, fenol, polisaxarid və polifenol qalıqlarından mümkün qədər qaçmaq lazımdır.

Lakin əslində üzvi reagentlərlə ekstraksiya köhnə üsuldur.Kommersiya dəstlərində ekstraksiya effekti silisium əsaslı adsorbsiya sütunu vasitəsilə sentrifuqasiya ilə birləşərək, çətin çıxarılan zəhərli və zərərli üzvi reagentlərdən qaçınmaqla əldə edilə bilər. Problem, məsələn,Foregene'nin nuklein turşusu ekstraksiya dəsti, əməliyyat boyu DNase/RNase və zəhərli üzvi reagentlərdən istifadə etmir, sürətli və təhlükəsizdir., vətəsiridiryaxşı(təsadüfən dedi ki, keçəldi, amma bilirəm ki, bilmək istəyirsən).

Nümunə 1: Genomik DNT hasilatı məhsulu və təmizliyi

Foregene Torpaq DNT İzolyasiya Kiti (DE-05511) müxtəlif mənbələrdən olan torpaq nümunələrini emal edir və əldə edilən genomik DNT-nin miqdarı və təmizliyi aşağıdakı cədvəldə göstərilir:
Misal 2: Toxuma RNT ekstraksiya məhsuldarlığı və təmizliyi

Animal Total RNT Isolation Kit (RE-03012) müxtəlif toxuma nümunələrini emal etdi və əldə edilən RNT-nin miqdarı və təmizliyi aşağıdakı cədvəldə göstərilmişdir (siçan toxuması üçün):
Bununla belə, OD dəyəri ilə bitdiyinizi düşünməyin.Cəbhədə sizin üçün çəkdiyim əsas məqamlarla maraqlanan varmı?

Xəbərdarlıq

Parçalanmış nuklein turşusu molekulları da absorbansda hesablanacaq.RNT-də genomik DNT qalıqlarınız olduğunu fərz etsək, OD dəyəriniz çox yüksək görünəcək, lakin RNT-nin faktiki konsentrasiyası müəyyən edilə bilməz.RNT-nizin olub-olmaması Deqradasiyanın olub-olmadığı aydın deyil, ona görə də daha dəqiq mühakimə vermək üçün hələ də hərtərəfli qiymətləndirmə metoduna, yəni MIQE-də qeyd olunan nuklein turşusunun bütövlüyünün qiymətləndirilməsinə ehtiyacımız var.