Əsas molekulyar biologiya terminlərinin izahı
1. cDNA və cccDNA: cDNA mRNT-dən tərs transkriptaza ilə sintez edilmiş ikiqat zəncirli DNT-dir;cccDNA xromosomdan azad olan plazmid cüt zəncirli qapalı dairəvi DNT-dir.
2. Standart qatlama vahidi: zülalın ikinci dərəcəli struktur vahidi α-heliks və β-vərəq müxtəlif birləşdirici polipeptidlər vasitəsilə xüsusi həndəsi düzülüşlü struktur blokları yarada bilər.Bu cür müəyyən qatlama adətən super ikincil quruluş adlanır.Demək olar ki, bütün üçüncü dərəcəli strukturları bu qatlama növləri və hətta onların birləşmiş növləri ilə təsvir etmək olar, buna görə də onlara standart qatlama vahidləri deyilir.
3. CAP: siklik adenozin monofosfat (cAMP) reseptor zülalı CRP (cAMP reseptor zülalı), cAMP və CRP birləşməsindən sonra əmələ gələn kompleksə aktivləşdirici protein CAP (cAMP aktivləşdirilmiş protein) deyilir.
4. Palindromik ardıcıllıq: DNT fraqmentinin seqmentinin əks tamamlayıcı ardıcıllığı, çox vaxt məhdudlaşdırıcı ferment sahəsi.
5. micRNA: mRNT ardıcıllığına tamamlayıcı olan və mRNT-nin tərcüməsini maneə törədə bilən tamamlayıcı müdaxilə edən RNT və ya antisens RNT.
6. Ribozim: RNT-nin birləşməsi prosesində avtokatalitik rol oynayan katalitik aktivliyə malik RNT.
7. Motiv: Zülal molekullarının məkan quruluşunda oxşar üçölçülü forma və topologiyaya malik bəzi yerli bölgələr var.
8. Siqnal peptidi: zülalın transmembranını istiqamətləndirən zülal sintezi zamanı N-terminusunda 15-36 amin turşusu qalıqları olan peptid.
9. Attenuator: Operator bölgəsi ilə transkripsiyanı dayandıran struktur gen arasında olan nukleotid ardıcıllığı.
10. Sehrli Nöqtə: Bakteriyalar böyüdükdə və amin turşularının tam çatışmazlığı ilə qarşılaşdıqda, bakteriyalar bütün genlərin ifadəsini dayandırmaq üçün təcili reaksiya verəcəkdir.Bu təcili cavabı yaradan siqnallar guanozin tetrafosfat (ppGpp) və guanozin pentafosfatdır (pppGpp).PpGpp və pppGpp rolu yalnız bir və ya bir neçə operon deyil, onların çoxlu sayda təsir göstərir, buna görə də onlara super tənzimləyicilər və ya sehrli ləkələr deyilir.
11. Upstream promotor elementi: promotorun fəaliyyətində tənzimləyici rol oynayan DNT ardıcıllığına aiddir, məsələn -10 bölgəsində TATA, -35 bölgəsində TGACA, gücləndiricilər və zəiflədicilər.
12. DNT zond: məlum ardıcıllıqla DNT-nin etiketlənmiş seqmenti, naməlum ardıcıllıqları aşkar etmək və hədəf genləri yoxlamaq üçün geniş istifadə olunur.
13. SD ardıcıllığı: Bu, tərcüməni tənzimləyən ribosom və mRNT-nin bağlanma ardıcıllığıdır.
14. Monoklonal Antikor: Yalnız bir antigen determinantına qarşı fəaliyyət göstərən antikor.
15. Kosmid: Fajın hər iki ucunda COS bölgələrini saxlayan və plazmidlə əlaqəli olan süni şəkildə qurulmuş ekzogen DNT vektorudur.
16. Mavi-ağ ləkənin skrininqi: LacZ geni (β-qalaktosidazı kodlayan), ferment xromogen substratı X-gal (5-bromo-4-xloro-3-indol-β-D-qalaktozid) parçalayaraq mavi rəng əldə edə bilər, beləliklə, ştammı mavi edir.Ekzogen DNT daxil edildikdə, LacZ geni ifadə edilə bilməz və rekombinant bakteriyaları yoxlamaq üçün ştam ağ rəngdədir.Buna mavi-ağ skrininq deyilir.
17. Cis-təsirli element: DNT-də gen ifadəsini tənzimləyən əsasların xüsusi ardıcıllığı.
18. Klenow fermenti: DNT polimeraza I-nin böyük fraqmenti, istisna olmaqla, 5' 3' eksonükleaz aktivliyi DNT polimeraza I holoenzimindən çıxarılır.
19. Anchored PCR: maraq DNT-ni bir ucunda məlum ardıcıllıqla gücləndirmək üçün istifadə olunur.Naməlum ardıcıllığın bir ucuna bir poly-dG quyruğu əlavə edildi və sonra poli-dC və məlum ardıcıllıq PCR gücləndirilməsi üçün primerlər kimi istifadə edildi.
20. Fusion protein: Eukaryotik zülalın geni ekzogen gen ilə bağlıdır və orijinal gen zülalının və ekzogen zülalın tərcüməsindən ibarət zülal eyni zamanda ifadə edilir.
Digər molekulyar biologiya terminləri
1. DNT-nin fiziki xəritəsi DNT molekulunun (məhdudlaşdırıcı endonükleazla həzm olunan) fraqmentlərinin düzülmə ardıcıllığıdır.
2. RNaz-ın parçalanması iki növə (avtokataliz) və (heterokataliz) bölünür.
3. Prokaryotlarda (IF-1), (IF-2) və (IF-3) üç başlanğıc faktoru var.
4. Transmembran zülalları rəhbərlik tələb edir (siqnal peptidləri) və zülal şaperonlarının rolu (peptid zəncirinin zülalın yerli konformasiyasına qatlanmasına kömək edir).
5. Promotorlardakı elementlər ümumiyyətlə iki növə bölünə bilər: (əsas promotor elementləri) və (yuxarı promotor elementləri).
6. Molekulyar biologiyanın tədqiqat məzmunu əsasən üç hissədən ibarətdir: (struktur molekulyar biologiya), (genin ifadəsi və tənzimlənməsi) və (DNT rekombinasiya texnologiyası).
7. DNT-nin genetik material olduğunu nümayiş etdirən iki əsas təcrübə (siçanların pnevmokok infeksiyası) və (Escherichia coli-nin T2 faq infeksiyası).potensial).
8. hnRNA və mRNT arasında iki əsas fərq var: (hnRNA mRNT-yə çevrilmə prosesində birləşir), (mRNT-nin 5' ucu m7pGppp qapağı ilə əlavə olunur və mRNA turşusunun (polya) quyruğunun 3' ucunda əlavə poliadenilləşmə var).
9. Zülalın çox alt birimli formasının üstünlükləri (alt bölmə DNT-nin istifadəsi üçün iqtisadi bir üsuldur), (zülal sintezində təsadüfi səhvlərin zülal fəaliyyətinə təsirini azalda bilər), (fəaliyyət çox səmərəli ola bilər və sürətlə açılır və bağlanır).
10. Zülal qatlama mexanizminin əsas məzmunu ilk nüvələşmə nəzəriyyəsi (nükleasyon), (struktur zənginləşdirilməsi), (son yenidən təşkili) daxildir.
11. Qalaktoza bakteriyalara ikili təsir göstərir;bir tərəfdən (hüceyrə böyüməsi üçün karbon mənbəyi kimi istifadə edilə bilər);digər tərəfdən (hüceyrə divarının da tərkib hissəsidir).Buna görə də, fon səviyyəsində daimi sintez üçün cAMP-CRP-dən asılı olmayan promotor S2 lazımdır;eyni zamanda yüksək səviyyəli sintezi tənzimləmək üçün cAMP-CRP-dən asılı promotor S1 lazımdır.Transkripsiya G ilə (S2) və G olmadan (S1)-dən başlayır.
12. Rekombinant DNT texnologiyası (gen klonlama) və ya (molekulyar klonlama) kimi də tanınır.Son məqsəd (bir orqanizmdə olan genetik məlumat DNT-ni başqa bir orqanizmə köçürməkdir).Tipik bir DNT rekombinasiyası təcrübəsi adətən aşağıdakı addımları əhatə edir: (1) Donor orqanizmin hədəf genini (və ya ekzogen genini) çıxarın və yeni rekombinant DNT molekulu yaratmaq üçün onu başqa bir DNT molekuluna (klonlaşdırma vektoru) enzimatik olaraq birləşdirin.② Rekombinant DNT molekulu alıcı hüceyrəyə köçürülür və alıcı hüceyrədə təkrarlanır.Bu proses transformasiya adlanır.③ Rekombinant DNT-ni udmuş həmin alıcı hüceyrələri yoxlayın və müəyyən edin.④Xarici yardım geninin ifadə edilib-edilmədiyini aşkar etmək üçün böyük miqdarda rekombinant DNT olan hüceyrələri yetişdirin.
13. Plazmid replikasiyasının iki növü vardır: ana hüceyrə zülal sintezi ilə ciddi şəkildə idarə olunanlar (sıx plazmidlər), ev sahibi hüceyrə zülal sintezi ilə ciddi şəkildə idarə olunmayanlar isə (rahat plazmidlər) adlanır.
14. PCR reaksiya sistemi aşağıdakı şərtlərə malik olmalıdır: a.Ayrılmalı olan hədəf genin iki zəncirinin hər bir ucunda tamamlayıcı ardıcıllıqla DNT primerləri (təxminən 20 əsas).b.Termal sabitliyə malik fermentlər, məsələn: TagDNA polimeraza.c, dNTPd, şablon kimi maraq doğuran DNT ardıcıllığı
15. PCR-nin əsas reaksiya prosesi üç mərhələdən ibarətdir: (denaturasiya), (tavlama) və (uzatma).
16. Transgen heyvanların əsas prosesinə adətən aşağıdakılar daxildir: ①Klonlaşdırılmış yad genin mayalanmış yumurtanın və ya embrion kök hüceyrənin nüvəsinə daxil edilməsi;②İnkulyasiya edilmiş mayalanmış yumurtanın və ya embrion kök hüceyrənin qadın uterusuna köçürülməsi;③Tam embrion inkişafı və böyüməsi Xarici genləri olan nəsillər üçün;④ Xarici zülallar istehsal edə bilən bu heyvanlardan yeni homozigot nəsillər yetişdirmək üçün damazlıq mal kimi istifadə edin.
17. Hibridoma hüceyrə xətləri (dalaq B) hüceyrələrin (miyelom) hüceyrələri ilə hibridləşdirilməsi yolu ilə əmələ gəlir və (dalaq hüceyrələri) hipoksantindən istifadə edə bildiyindən və (sümük hüceyrələri) hüceyrə bölünməsi funksiyalarını təmin etdiyi üçün HAT mühitində yetişdirilə bilər.böyümək.
18. Tədqiqatın dərinləşməsi ilə antikorların birinci nəsli (poliklonal anticisimlər), ikinci nəsil (monoklonal anticisimlər), üçüncü nəsil (gen mühəndisliyi anticisimləri) adlanır.
19. Hazırda həşərat viruslarının gen mühəndisliyi əsasən bakulovirusa yönəldilmişdir ki, bu da introduksiyada özünü göstərir (ekzogen toksin gen);(həşəratların normal həyat dövrünü pozan genlər);(virus genlərinin modifikasiyası).
20. Məməli RNT polimeraza II promotorunda ümumi TATA, GC və CAAT elementlərinə uyğun gələn trans-təsirli zülal amilləri müvafiq olaraq (TFIID), (SP-1) və (CTF/NF1)-dir.
iyirmi bir.RNT polimerazının Ⅱ əsas transkripsiya faktorları TFⅡ-A, TFⅡ-B, TFII-D, TFⅡ-E və onların bağlanma ardıcıllığı belədir: (D, A, B, E).Burada TFII-D funksiyası (TATA qutusu ilə bağlıdır).
iyirmi iki.DNT-yə bağlanan transkripsiya faktorlarının əksəriyyəti dimerlər şəklində işləyir.DNT-yə bağlanan transkripsiya faktorlarının funksional sahələri adətən aşağıdakılardır (sarmal-dönüş-sarmal), (sink barmaq motivi), (əsas-leysin) fermuar motivi).
iyirmi üç.Üç növ məhdudlaşdırıcı endonükleaz parçalanma rejimi var: (5' yapışqan ucları yaratmaq üçün simmetriya oxunun 5' tərəfində kəsin), (3' yapışqan ucları yaratmaq üçün simmetriya oxunun 3' tərəfində kəsin (düz seqmentlər yaratmaq üçün simmetriya oxunda kəsin) ).
iyirmi dörd.Plazmid DNT-nin üç fərqli konfiqurasiyası var: (SC konfiqurasiyası), (oc konfiqurasiyası), (L konfiqurasiyası).Elektroforezdə birincidir (SC konfiqurasiyası).
25. Ekzogen gen ifadə sistemləri, əsasən (Escherichia coli), (Maya), (Böcək) və (Məməlilərin hüceyrə cədvəli).
26. Transgen heyvanlar üçün geniş istifadə olunan üsullar bunlardır: (retrovirus infeksiyası üsulu), (DNT mikroinyeksiya üsulu), (embrion kök hüceyrə üsulu).
Tətbiq Molekulyar biologiya
1. 5-dən çox RNT-nin funksiyalarını adlandırın?
Transfer RNT tRNA Transfer amin turşusu Ribosom RNT rRNA Ribosom messenger RNT mRNA Zülal sintez şablonu Heterojen nüvə RNT hnRNA Yetkin mRNA-nın xəbərçisi kiçik nüvə RNT snRNA HnRNA-nın birləşdirilməsində iştirak edir Kiçik sitoplazmatik və RNASLNARNA- zülallazma/ tezləşdirilmiş siqnalın tanınması bədən komponentləri Antisens RNT anRNA/micRNA Gen ifadəsini tənzimləyir Ribozim RNT Enzimatik aktiv RNT
2. Prokaryotik və eukaryotik promotorlar arasında əsas fərq nədir?
Prokaryotik TTGACA --- TATAAT------Başlama yeri-35 -10 Eukaryotic Enhancer---GC ---CAAT----TATAA-5mGpp-Başlama yeri-110 -70 -25
3. Təbii plazmidlərin süni qurulmasının əsas aspektləri hansılardır?
Təbii plazmidlərin çox vaxt qüsurları olur, ona görə də onlar gen mühəndisliyi üçün daşıyıcı kimi istifadə üçün uyğun deyil və dəyişdirilməli və qurulmalıdır: a.Seçim üçün istifadəsi asan olan iki və ya daha çox kimi uyğun seçim marker genlərini, adətən antibiotik genlərini əlavə edin.b.Rekombinasiyanı asanlaşdırmaq üçün uyğun ferment kəsici yerləri artırın və ya azaldın.c.Uzunluğu qısaltın, lazımsız parçaları kəsin, idxalın səmərəliliyini artırın və yükləmə qabiliyyətini artırın.d.Replikonu sıxdan boşa, daha az nüsxədən daha çox nüsxəyə dəyişdirin.e.Genetik mühəndisliyin xüsusi tələblərinə uyğun olaraq xüsusi genetik elementlər əlavə edin
4. Toxuma spesifik cDNT-nin diferensial skrininq metoduna misal göstərin?
İki hüceyrə populyasiyası hazırlanır, hədəf gen hüceyrələrdən birində ifadə edilir və ya yüksək ifadə edilir, digər hüceyrədə isə hədəf gen ifadə olunmur və ya aşağı səviyyədə ifadə edilir, sonra hibridləşmə və müqayisə yolu ilə hədəf gen tapılır.Məsələn, şişlərin meydana gəlməsi və inkişafı zamanı şiş hüceyrələri normal hüceyrələrdən fərqli ifadə səviyyələrinə malik mRNA-lar təqdim edəcəklər.Buna görə də, şişlə əlaqəli genlər diferensial hibridləşmə ilə yoxlanıla bilər.İnduksiya metodu, həmçinin ifadəsi induksiya olunan genləri yoxlamaq üçün istifadə edilə bilər.
5. Hibridoma hüceyrə xətlərinin yaradılması və skrininqi?
Dalaq B hüceyrələri + miyelom hüceyrələri, hüceyrə birləşməsini təşviq etmək üçün polietilen qlikol (PEG) əlavə edin və HAT mühitində yetişdirilən (hipoksantin, aminopterin, T ehtiva edən) dalaq B-mieloma füzyon hüceyrələri qidalanmağa davam edir.Hüceyrə birləşməsinin tərkibinə aşağıdakılar daxildir: dalaq-dalaq birləşmə hüceyrələri: inkişaf edə bilməyən, dalaq hüceyrələri in vitro kultura edilə bilməz.Sümük-sümük birləşmə hüceyrələri: hipoksantindən istifadə edə bilməz, lakin folat reduktazadan istifadə edərək ikinci yolla purin sintez edə bilər.Aminopterin folat reduktazını inhibə edir və beləliklə inkişaf edə bilmir.Sümük-dalaq birləşmə hüceyrələri: HAT-da böyüyə bilər, dalaq hüceyrələri hipoksantindən istifadə edə bilər və sümük hüceyrələri hüceyrə bölünməsi funksiyasını təmin edir.
6. DNT-nin ilkin strukturunun dideoksi terminal sonlanma üsulu (Sanger metodu) ilə təyin edilməsi prinsipi və üsulu hansıdır?
Prinsip DNT-nin uzanmasını dayandırmaq üçün bir nukleotid zənciri terminatorundan—2,,3,-dideoksinukleotiddən istifadə etməkdir.DNT zəncirinə daxil olduqdan sonra 3/5/fosfodiester bağlarının əmələ gəlməsi üçün lazım olan 3-OH olmadığı üçün DNT zənciri daha da genişləndirilə bilməz.Baza cütləşməsi prinsipinə əsasən, DNT polimerazının normal uzanan DNT zəncirində iştirak etmək üçün dNMP-yə ehtiyacı olduqda, iki imkan var, biri ddNTP-də iştirak etməkdir ki, bu da deoksinukleotid zəncirinin uzanmasının dayandırılması ilə nəticələnir;digəri dNTP-də iştirak etməkdir ki, DNT zənciri növbəti ddNTP daxil olana qədər uzanmağa davam edə bilsin.Bu üsula əsasən ddNTP ilə bitən müxtəlif uzunluqlu DNT fraqmentləri qrupu əldə edilə bilər.Metod müvafiq olaraq ddAMP, ddGMP, ddCMP və ddTMP olmaqla dörd qrupa bölməkdir.Reaksiyadan sonra poliakrilamid gel elektroforezi üzgüçülük zolaqlarına görə DNT ardıcıllığını oxuya bilir.
7. Aktivator zülalının (CAP) transkripsiyaya müsbət tənzimləyici təsiri nədir?
Tsiklik adenilat (cAMP) reseptor zülalı CRP (cAMP reseptor zülalı), cAMP və CRP-nin birləşməsindən əmələ gələn kompleksə CAP (cAMPaktivləşdirilmiş protein) deyilir.E. coli qlükoza olmayan mühitdə yetişdirildikdə, CAP sintezi artır və CAP laktoza (Lac) kimi promotorları aktivləşdirmə funksiyasına malikdir.Bəzi CRP-dən asılı promotorlarda ümumi promotorların malik olduğu tipik -35 bölgə ardıcıllığı xüsusiyyəti (TTGACA) yoxdur.Buna görə də RNT polimerazının ona bağlanması çətindir.CAP (funksiya) varlığı: ferment və promotorun bağlanma sabitini əhəmiyyətli dərəcədə yaxşılaşdıra bilər.O, əsasən aşağıdakı iki aspekti göstərir: ① CAP -10 bölgəsi ilə birləşmək və -35 bölgəsinin funksiyasını əvəz etmək rolunu oynamaq üçün promotorun konformasiyasını və fermentlə qarşılıqlı əlaqəni dəyişdirərək ferment molekulunun düzgün oriyentasiyasına kömək edir.②CAP həmçinin RNT polimerazının DNT-dəki digər yerlərə bağlanmasını maneə törədə bilər və bununla da onun xüsusi promotoruna bağlanma ehtimalını artırır.
8. Tipik DNT rekombinasiyası təcrübəsinə adətən hansı addımlar daxildir?
a.Donor orqanizmin hədəf genini (və ya ekzogen genini) çıxarın və yeni rekombinant DNT molekulu yaratmaq üçün onu enzimatik olaraq başqa DNT molekuluna (klonlaşdırma vektoru) birləşdirin.b.Rekombinant DNT molekulunu resipiyent hüceyrəyə köçürün və replikasiya edin və alıcı hüceyrədə qoruyun.Bu proses transformasiya adlanır.c.Rekombinant DNT-ni udmuş həmin alıcı hüceyrələri yoxlayın və müəyyən edin.d.Kütləvi mədəniyyətdə rekombinant DNT ehtiva edən hüceyrələrin xarici yardım geni olub olmadığını təsbit etmək.
9. Gen kitabxanasının qurulması Rekombinantların skrininqinin üç üsulu verilmiş və proses qısaca təsvir edilmişdir.
Antibiotik müqavimətinin skrininqi, müqavimətin insertasiya inaktivasiyası, mavi-ağ ləkələrin skrininqi və ya PCR skrininqi, diferensial skrininq, DNT zondu Klonlama vektorlarının əksəriyyəti antibiotik müqavimət genlərini (anti-ampisilin, tetrasiklin) daşıyır.Plazmid Escherichia coli-yə köçürüldükdə, bakteriyalar müqavimət qazanacaq və transfer olmayanlar müqavimət göstərməyəcəklər.Amma onun yenidən təşkil edilib-edilmədiyini ayırd edə bilmir.İki müqavimət geni olan bir vektorda, genlərdən birinə yad bir DNT fraqmenti daxil edilərsə və genin təsirsiz hala gəlməsinə səbəb olarsa, müsbət rekombinantları yoxlamaq üçün müxtəlif dərmanlar ehtiva edən iki boşqab nəzarətindən istifadə edilə bilər.Məsələn, pUC plazmidində mavi rəng əmələ gətirmək üçün X-gal (5-bromo-4-xloro-3-indol-β-D-qalaktozid) xromogen substratını parçalaya bilən LacZ geni (β-qalaktosidazı kodlayan) var və bununla da ştammı mavi rəngə çevirə bilir.Xarici DNT daxil edildikdə, LacZ geni ifadə edilə bilməz və ştam rekombinant bakteriyaları yoxlamaq üçün ağ rəngdədir.
10. Embrion kök hüceyrələri vasitəsilə transgen heyvanların alınmasının əsas prosesini izah edin?
Embrion kök hüceyrələri (ES) embrion inkişafı zamanı süni şəkildə yetişdirilə və çoxalda bilən və digər hüceyrə növlərinə diferensiallaşma funksiyasına malik olan embrion hüceyrələrdir.ES hüceyrələrinin kulturasiyası: Blastosistin daxili hüceyrə kütləsi təcrid olunur və becərilir.ES qidalandırıcısız təbəqədə becərildikdə, əzələ hüceyrələri və N hüceyrələri kimi müxtəlif funksional hüceyrələrə diferensiallaşacaq.Fibroblastları ehtiva edən mühitdə becərildikdə, ES fərqlilik funksiyasını qoruyacaqdır.ES genetik manipulyasiya edilə bilər və onun fərqləndirmə funksiyası təsadüfi inteqrasiya problemini həll edən fərqləndirmə funksiyasına təsir etmədən inteqrasiya edilə bilər.Embrion kök hüceyrələrinə ekzogen genləri daxil edin, sonra hamilə dişi siçanların uterusuna implant edin, balalara çevrilin və homozigot siçanları əldə etmək üçün keçin.
